Marthe Huot détient un baccalauréat en pharmacie, un diplôme en pharmacie hospitalière et une maîtrise en administration des affaires de l'Université Laval. Elle travaille à l'Hôtel-Dieu de Québec comme pharmacienne clinicienne et collabore à l'enseignement de la pharmacothérapie et de la gestion en pharmacie d'hôpital. À partir de 1991, elle occupe différents postes à la Régie de l'assurance maladie du Québec (RAMQ) et au ministère de la Santé et des Services sociaux où elle participe entre autres en 1996 aux travaux du comité d'experts sur l'assurance médicaments.